El CIEMEP es un centro de investigación multidisciplinario. Las líneas de investigación que se desarrollan comprenden: taxonomía, paleontología y ecología de invertebrados y vertebrados, limnología básica y aplicada, geología, glaciología, etnobiología patagónica, ecología del fuego y pastizales y administración ambiental y de recursos.
Este carácter multidisciplinario le otorga la capacidad de dar respuesta a diversas problemáticas de la región. Se realizan aquí investigaciones de relevancia a nivel regional, nacional e internacional. A su vez, el CIEMEP participa de diferentes eventos de divulgación científica buscando promover la cultura científica y el interés por la ciencia entre la comunidad educativa y el público en general.